Wydział Geografii i Geologii UJ rozpoczął działalność 20 marca 2017 r. Rozwijające się w jego obrębie nauki o Ziemi mają wielowiekową tradycję na Uniwersytecie Jagiellońskim, poczynając od XVI-wiecznych opracowań geograficznych i mineralogicznych.

O znaczeniu nauk o Ziemi może świadczyć fakt, że najdłuższą ciągłą serią pomiarową w Polsce są rozpoczęte w  1792 r. przez Jana Śniadeckiego obserwacje meteorologiczne prowadzone do tej pory w krakowskim Ogrodzie Botanicznym. Pierwszym dyrektorem Ogrodu Botanicznego był Jan Jaśkiewicz, który jako kierownik Katedry Historii Naturalnej w 1782 r. utworzył Muzeum Mineralogiczne.

Rozwój nauki i wyodrębnianie się dyscyplin naukowych w XIX w. spowodowały powołanie na Uniwersytecie Jagiellońskim Katedry Mineralogii i Jeognozji (1811) oraz Katedry Geografii (1849), które przekształciły się Gabinet Geologiczny (1886) i Pracownię Paleontologiczną (1912) oraz Instytut Geograficzny (1920). Geografia i geologia reprezentujące nauki o Ziemi rozwijały się początkowo na Wydziale Filozoficznym, następnie Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym, a od 1952 r. na Wydziale Biologii i Nauk o Ziemi UJ.

W 1972 r. powołany został do życia Instytut Nauk Geologicznych, który kontynuuje tradycje badań geologicznych. W 2000 r. Instytut Geografii zmienił nazwę na Instytut Geografii i Gospodarki Przestrzennej.